104年度總預算歲入歲出分別為708億1,304萬4,000元及765億8,804萬4,000元，執行結果，歲入決算數709億9,200萬3,633元，達預算數100.25%，歲出決算數695億3,437萬7,827元，達預算數90.79%，歲入歲出賸餘14億5,762萬5,806元。這是原臺南縣市自88下半年及89年度適用修正預算法以來至縣市合併後第一次產生歲入歲出由短絀轉為賸餘。
104年度歲入歲出賸餘14億5,762萬5,806元，主要係歲入部分稅課收入超收15億餘元、罰款及賠償收入超收3.53億餘元；歲出部分債務付息採公開詢價等方式致節餘5.15億餘元、優惠存款差額利息節餘約12.55億餘元、災害準備金依實際需要動支致節餘3.67億餘元、補(捐)助或委辦計畫經費節餘10億餘元、營繕工程節餘4.2億餘元、實際進用員額較少人事費節餘13.6億餘元、收支併列預算收入未達而減支4.47億餘元、各項業務撙節支出4.1億餘元等所致。
本市99年12月25日改制升格，由於攸關未來發展的「財政收支劃分法」，仍未經立法院三讀通過，始終面臨著歲入自有財源不足、自有財源比率偏低、基本財政結構狀況不佳且有巨額負債必須償還的嚴峻挑戰。然而在市府團隊的努力下，採取「撙節優先•開源並濟」的財政策略，主動刪減經常門支出、不必要的計畫以及活動經費等，移緩濟急，將撙節之經費優先用在市民迫切需要之用途，讓市政順利推動，各項計畫亦多能確實依照法定預算執行。
近5年來，本府自預算編列即採行緊縮措施、將撙節之經費優先用於重大建設之財源，落實零基預算精神；預算執行方面，各年度機關單位之預算扣除必要項目後皆列入專案控管，並依輕重緩急於實際需要時專案申請動支；同時積極推動節流計畫並落實執行。厲行開源節流及控管預算執行，也逐漸產生成效，差短逐年減少並轉為賸餘。
總決算歲入歲出差短決算數由99年度之67.56億元、100年度59.58億元、101年度49.67億元、102年度44.29億元至103年度19.39億元，呈現逐年縮短之趨勢，104年度歲入歲出執行結果，更是產生14.58億元之決算賸餘。
此外，自有財源比率亦由99年度48.64%、100年度50.78%、101年度59.56%、102年度64.80%、103年度65.49%至104年度69.82%，呈現逐年上升之趨勢，故市府並未因合併大肆擴大歲出預算，亦即市府是一個遵守財政紀律政府，是一個量入為出的政府。
發稿人：主計處-陳真真科長